베드로회
베드로 아버지회는 교회내 중요하고 힘든 일들을 기꺼히 즐거운 마음으로 봉사하고 있으며, 주일 미사후 심도높은 성경공부와 어르신들을 위한 귀가 차량봉사 그리고 남양주교회의 환경미화 등 없어서는 안될 활동단체입니다.
친교의 시간을 위하여 월 1회 번개 모임을 실시하고 있으며, 교회내의 경조사시 주관 및 열과 성의로 빈 자리를 채우며 기쁨과 슬픔을 공유하는 단체 입니다.
또한 회원간의 신앙심 고취를 목적으로 대림절 및 사순절기 연 2회의 피정을 통해 신앙인으로서의 신앙을 고취하고 있습니다.

어머니회
모든 성공회 교회의 어머니회가 그렇듯이 남양주교회의 어머니회도 보이지 않는 곳에서 봉사로 헌신하고 있습니다. 성서공부와 기도를 통해 심신 수련을 할 계획이며 어머니들이 하나되는 야유회와 피정들 계획하고 있습니다.
아버지학교에스는 '아버지가 살아야 가정이 산다' 라는 캐치프레이즈를 내걸고 가정에서의 아버지 역할의 중요성에 대해 가르치고 있습니다. 우리 어머니회는 감히 '어머니가 살아야 교회가 산다'는 구호를 외치고 싶습니다. 우리 어머니회 모든 분들이 신앙생활을 충실하여 교회와 가정에 안정을 가져올 수 있도록 교우 분들의 많은 기도를 부탁드립니다.

암하레즈 성가대
암하레즈 성가대는 "땅의 사람들"이란 의미를 지닌 [암하레즈]를 성가대명으로 감사성찬례 등 교회 예전에 중추적인 역할을 맡고 있어 짧은 역사에도 불구하고 모범적인 성가대로 성장해 왔습니다.
총 16명의 적은 인원에도 불구하고 르네상스 시대부터 현대 한국창작성가, 필리핀과 아프리카, 러시아 등 제3세계 성가를 아우르는 폭 넓고 균형잡힌 레파토리로 하느님께 찬양드리는 동시에 모든 사람에게 신앙의 의미와 사람을 알려주고자 부단한 노력을 기울이고 있습니다.
'땅의 사람들'이란 그리스도 예수가 끊임없이 자신의 양으로 끝까지 지키고자 했던, 그리고 지금도 지켜내고 계신 죄인, 즉 이 땅의 무지하고 가난하고 병든 사람들입니다. 남양주교회가 예수 그리스도를 모본으로 어렵고 고통받고 가난하고 병든 이들을 돌보고 사랑하는 것과 같이 암하레즈 성가대도 '땅의 사람들'에게 위로의 노래를, 그 노래가 다시 우리의 기도가 되어 하늘의 영광이 되기를 소망합니다.